На малых оборотах низкое давление масла, кроме того за счет малой инерции ЦПГ и ГРМ двигатель начинает работать неустойчиво.
Ездить можно, но очень скоро накроется двигатель. Рывки двигателя на малых оборотах - это предсмертные конвульсии.
Лечение:
Поставь двигатель от 400-ки - в пробках он может двигаться со значительно меньшей скоростью.
Поставь маленькую ведущую звезду (на 14, напр.).
Выжимай сцепление - заменить диски дешевле, чем искать новый двигатель.
Ездий другими маршрутами.
Купи эндурик (у меня Джебель 200 устойчиво едет со скоростью 3 км/ч) - всегда можно объехать (если рядом гайцы - обойти) по тротуару (пешеходному переходу) любую пробку.

По поводу стука - возможно демпферы звезды (попробуй на стоящем двигателе повращать вывешенное заднее колесо, удерживая другой рукой за зведу. Если есть люфт - они мертвы).
Другой вариант - люфт (незначительный) есть в коробке изначально. Если с демпферами все в порядке, то слабые щелчки коробки на околонулевых скоростях - это нормально.
Общее правило - плавно прибавлять и убавлять газ для снижения ударной нагрузки на КПП и двигатель.

возможно поршни туго ходят в суппорте - но поидее тогда стравливание жидкости не должно влиять.
если стравливание помогает - значит тормозуха из контура обратно в бачок не стравливается полностью. а должно стравливатся, причем независимо от воздуха (во всяком случае в наших тормозах, но врятли японцы что-то по другому намутили). возможно просто засорилась дырочка, через которую главный тормозной (на педали) связан с бачком. смысл в том, что когда отпускаешь педать манжета пружиной возвращается назад и открывает эту дырочк для стравливания жидкости.
на машинах сталкивался с ситуацией, когда при отпускании педали эта дырочка не открывалась - и вот тогда народ долго парился, чего тормоза клинит. проверяется визуально))). но там просто при переборке не те манжеты/поршень ставили.
попробуй шланг с бачка в месте со штуцером открутить от цилиндра (по мануалу так и нарисовано при снятии, он проде винтиком крепится) и заглянуть в дырочку с фонариком. или сразу снимать и разбирать, промывать.