Вопрос такой: На левой крышке двигателя есть пробка, под ней собственно переходник на головку для прокручивания коленвала вручную. В какую сторону крутить правильно? И что будет если провернуть его в другую сторону?

Безразницы куда крутить. Отпускание сцепления когда ты толкаеш мотоцикл назад не приводит к его поломке.
Куда его крутить проверяется к примеру на первой, с вывешеным колесом , прокручиванием его рукой против часовой.Куда крутится колено, туда и направление нормального вращения.

Да, и зафиксировать двигатель чтоб открутить эту гайку можно зажав на передаче задний тормоз.

Да я то собственно уже открутил и провернул... Масла под свели влил, и прокрутил. Вращал против часовой, теперь вот муки совести. А вдруг что?) Ну собственно теперь я спокоен. Спасибо большое)

Пофиг куда крутить, если ничего не разобрано, правильное направление - против часовой.